严重急性呼吸系统综合症冠状病毒 2

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October 18, 2021

严重急性呼吸系统综合症冠状病毒 2(SARS-CoV-2)(英文:Severe Acute Respiratory Syndromecoronavirus 2),最初称为“2019-nCoV”(英文:2019 新型冠状病毒),有时也称为“冠状病毒”武汉病毒或“COVID-19 病毒”,是一种阳性单链 RNA 病毒(线性基因组)。它在人类中具有传染性,是导致 COVID-19 疾病的原因,该疾病正在持续流行。世界卫生组织 (WHO) 认为蝙蝠是该病毒最有可能的天然宿主,尽管病毒之间存在一些差异在蝙蝠中发现的和在人类中发现的那些表明人类是通过中间宿主感染的。首例已知感染于 2019 年 12 月在武汉市(中国湖北省)发现。 由于发现在武汉,因此有时将其称为“武汉病毒”或“武汉冠状病毒”,尽管世界组织 (WHO) 建议不要使用基于位置的名称。为避免与严重急性呼吸系统综合症 (SARS) 疾病混淆,世卫组织有时在公开发布中将该病毒称为“导致 COVID-19 的病毒”或“COVID-19 病毒”。病毒和疾病通常被公众称为“冠状病毒”或“新型冠状病毒”,尽管科学家使用了更精确的术语。它有时被称为“武汉病毒”或“武汉冠状病毒”,尽管世界卫生组织 (WHO) 建议不要使用基于位置的名称。为避免与严重急性呼吸系统综合症 (SARS) 疾病混淆,世卫组织有时在公开发布中将该病毒称为“导致 COVID-19 的病毒”或“COVID-19 病毒”。病毒和疾病通常被公众称为“冠状病毒”或“新型冠状病毒”,尽管科学家使用了更精确的术语。它有时被称为“武汉病毒”或“武汉冠状病毒”,尽管世界卫生组织 (WHO) 建议不要使用基于位置的名称。为避免与严重急性呼吸系统综合症 (SARS) 疾病混淆,世卫组织有时在公开发布中将该病毒称为“导致 COVID-19 的病毒”或“COVID-19 病毒”。病毒和疾病通常被公众称为“冠状病毒”或“新型冠状病毒”,尽管科学家使用了更精确的术语。在公开发布中,世卫组织有时将这种病毒称为“导致 COVID-19 的病毒”或“COVID-19 病毒”。病毒和疾病通常被公众称为“冠状病毒”或“新型冠状病毒”,尽管科学家使用了更精确的术语。在公开发布中,世卫组织有时将这种病毒称为“导致 COVID-19 的病毒”或“COVID-19 病毒”。病毒和疾病通常被公众称为“冠状病毒”或“新型冠状病毒”,尽管科学家使用了更精确的术语。

故事

来源

目前的证据表明起源于人畜共患病的飞跃。该毒株首先在武汉被描述,但目前尚不清楚病毒传播给人类的确切地理位置,也不清楚该毒株何时具有致病性(开始在宿主中产生传染病)。 COVID-19 病毒在基因上与蝙蝠中发现的冠状病毒很相似,它可能起源于蝙蝠。在中国云南省收集的 Rhinolophus affinis 蝙蝠的核酸序列显示,其与 SARS-CoV-2 的相似性为 96%。但据认为,在它被引入人类之前,也涉及穿山甲等中间动物宿主。从分类学的角度来看,该病毒被归类为与严重急性呼吸系统综合症 (SARS-CoV) 相关的冠状病毒株,但其刺突蛋白的受体结合域 (RBD) 不同,因此,它与人细胞的 ACE2 受体结合2020 年 2 月 7 日,广州市(中国广东省)的调查人员发现了一个穿山甲样本,其核酸序列与 SARS-CoV-2 具有 99% 的相同性,仅相差一个氨基酸。尽管中国法律保护这些哺乳动物,但它们被非法交易用于中药的情况仍然很常见。同样在德克萨斯州(美国),微生物学家和遗传学家发现了冠状病毒重排的证据,这表明穿山甲与 SARS-CoV-2 的起源有关。尽管如此,迄今为止发现的穿山甲中的冠状病毒仅与 SARS-CoV-2 共享 92% 的基因组,这不足以证明穿山甲是中间宿主。相比之下,2002-2004年爆发的SARS病毒与果子狸冠状病毒有99.8%的基因组共享。分别在中间宿主或人类中在人畜共患病溢出之前或同时进行。对于病毒的自然选择也没有达成共识:不知道它是在人畜共患病之前还是在人畜共患病溢出之前进行,分别在中间宿主还是在人类中进行。对于病毒的自然选择也没有达成共识:不知道它是在人畜共患病之前还是在人畜共患病溢出之前进行,分别在中间宿主还是在人类中进行。

病毒学

感染

SARS-CoV-2 的人际传播在 2019-20 年冠状病毒大流行期间首次得到证实。传播的主要形式是呼吸系统中产生的飞沫,通过咳嗽或打喷嚏将飞沫排出至半径 1.8 m。另一个可能的感染原因是通过受污染的表面间接接触。初步研究表明,该病毒可以在塑料和钢上保持活性长达三天,但它在硬纸板上不能存活超过一天或在铜上存活超过四小时。在感染患者的粪便中也观察到病毒RNA,目前尚不清楚该病毒在潜伏期内是否具有传染性。 2020 年 2 月 1 日,世卫组织表示“来自无症状病例的传播可能不是主要的传播形式之一”。大多数人类感染被认为是表现出 COVID-19 症状的人之间传播的结果。然而,中国爆发疫情的流行病学模型表明,在记录的感染中,症状前传播可能是典型的。2021年1月发表的一项研究表明,一半以上的新型冠状病毒感染可能是由无症状传播引起的。虽然无法获得确切数字,但据估计,59% 的感染可能是由出现症状之前的人 (35%) 或虽然被感染但从未出现症状的人引起的。 SARS-CoV-2 是在受感染母亲的母乳中未发现这种病毒,而存在针对该病毒的特异性抗体。因此,SARS-CoV-2 不会通过母乳传播。世卫组织针对产妇感染的建议不是停止母乳喂养,而是戴口罩、勤洗手和定期消毒表面。该机构还警告将新生儿与母亲分开所带来的风险。

水库

WHO 认为蝙蝠最有可能是 SARS-CoV-2 的天然宿主,尽管蝙蝠冠状病毒和 SARS-CoV-2 之间的一些差异表明人类是通过中间宿主感染的。尽管已经确定该菌株是天然来源的。对 2002 年至 2004 年引起 SARS 大流行的病毒株的天然宿主的调查使得在蝙蝠中发现了几种 SARS 样冠状病毒,其中大部分来自马蹄蝠的 Rhinolophus 属,以及在蝙蝠的样本中发现的两个核酸序列。 Rhinolophus sinicus 与 SARS-CoV-2 的相似度为 80%。另一项在云南采集的 Rhinolophus affinis 序列显示出 96% 的相似性。2019 年发表的一项宏基因组研究得出结论,SARS-CoV、导致 SARS 的菌株是在马来穿山甲样本中分布最广的冠状病毒。 2020年2月7日,宣布广州研究人员发现了一个穿山甲样本,其核酸序列与SARS-CoV-2 99%相同,只有一个氨基酸差异。德克萨斯州发现了冠状病毒重排的证据,表明参与SARS-CoV-2起源中的穿山甲。然而,迄今为止发现的穿山甲中的冠状病毒仅与 SARS-CoV-2 共享 92% 的基因组,这不足以证明穿山甲是中间宿主。相比之下,导致 2002-2004 年爆发的 SARS 病毒与果子狸冠状病毒共享 99.8% 的基因组。它是马来穿山甲样本中分布最广的冠状病毒。 2020年2月7日,宣布广州研究人员发现了一个穿山甲样本,其核酸序列与SARS-CoV-2 99%相同,只有一个氨基酸差异。德克萨斯州发现了冠状病毒重排的证据,表明参与SARS-CoV-2起源中的穿山甲。然而,迄今为止发现的穿山甲中的冠状病毒仅与 SARS-CoV-2 共享 92% 的基因组,这不足以证明穿山甲是中间宿主。相比之下,导致 2002-2004 年爆发的 SARS 病毒与果子狸冠状病毒共享 99.8% 的基因组。它是马来穿山甲样本中分布最广的冠状病毒。 2020年2月7日,宣布广州研究人员发现了一个穿山甲样本,其核酸序列与SARS-CoV-2 99%相同,只有一个氨基酸差异。德克萨斯州发现了冠状病毒重排的证据,表明参与SARS-CoV-2起源中的穿山甲。然而,迄今为止发现的穿山甲中的冠状病毒仅与 SARS-CoV-2 共享 92% 的基因组,这不足以证明穿山甲是中间宿主。相比之下,导致 2002-2004 年爆发的 SARS 病毒与果子狸冠状病毒共享 99.8% 的基因组。2020年2月7日,宣布广州研究人员发现了一个穿山甲样本,其核酸序列与SARS-CoV-2 99%相同,只有一个氨基酸差异。德克萨斯州发现了冠状病毒重排的证据,表明参与SARS-CoV-2起源中的穿山甲。然而,迄今为止发现的穿山甲中的冠状病毒仅与 SARS-CoV-2 共享 92% 的基因组,这不足以证明穿山甲是中间宿主。相比之下,导致 2002-2004 年爆发的 SARS 病毒与果子狸冠状病毒共享 99.8% 的基因组。2020年2月7日,宣布广州研究人员发现了一个穿山甲样本,其核酸序列与SARS-CoV-2 99%相同,只有一个氨基酸差异。德克萨斯州发现了冠状病毒重排的证据,表明参与SARS-CoV-2起源中的穿山甲。然而,迄今为止发现的穿山甲中的冠状病毒仅与 SARS-CoV-2 共享 92% 的基因组,这不足以证明穿山甲是中间宿主。相比之下,导致 2002-2004 年爆发的 SARS 病毒与果子狸冠状病毒共享 99.8% 的基因组。宣布广州研究人员发现了一个穿山甲样本,其核酸序列与 SARS-CoV-2 99% 相同,只有一个氨基酸差异。与此同时,德克萨斯州的微生物学家和遗传学家发现了冠状病毒重排的证据,这表明穿山甲与 SARS-CoV-2 的起源有关。然而,迄今为止发现的穿山甲中的冠状病毒仅与 SARS-CoV-2 共享 92% 的基因组,这不足以证明穿山甲是中间宿主。相比之下,导致 2002-2004 年爆发的 SARS 病毒与果子狸冠状病毒共享 99.8% 的基因组。宣布广州研究人员发现了一个穿山甲样本,其核酸序列与 SARS-CoV-2 99% 相同,只有一个氨基酸差异。与此同时,德克萨斯州的微生物学家和遗传学家发现了冠状病毒重排的证据,这表明穿山甲与 SARS-CoV-2 的起源有关。然而,迄今为止发现的穿山甲中的冠状病毒仅与 SARS-CoV-2 共享 92% 的基因组,这不足以证明穿山甲是中间宿主。相比之下,导致 2002-2004 年爆发的 SARS 病毒与果子狸冠状病毒共享 99.8% 的基因组。这表明穿山甲与 SARS-CoV-2 的起源有关。然而,迄今为止发现的穿山甲中的冠状病毒仅与 SARS-CoV-2 共享 92% 的基因组,这不足以证明穿山甲是中间宿主。相比之下,导致 2002-2004 年爆发的 SARS 病毒与果子狸冠状病毒共享 99.8% 的基因组。这表明穿山甲与 SARS-CoV-2 的起源有关。然而,迄今为止发现的穿山甲中的冠状病毒仅与 SARS-CoV-2 共享 92% 的基因组,这不足以证明穿山甲是中间宿主。相比之下,导致 2002-2004 年爆发的 SARS 病毒与果子狸冠状病毒共享 99.8% 的基因组。

系统发育学和分类学

SARS-CoV-2 属于一大类病毒,称为冠状病毒。它是一种单链正链 RNA (+ssRNA) 病毒。冠状病毒有能力在人类中引起多种疾病,从简单的感冒到更严重的疾病,如中东呼吸综合征 (MERS)。 SARS-CoV-2 是已知的第七种能够感染人类的​​冠状病毒,其余为 229E、NL63、OC43、HKU1、MERS-CoV 和最初的 SARS-CoV。与 2003 年导致 SARS 爆发的菌株一样, SARS-CoV-2 是 Sarbecovirus 亚属(β冠状病毒谱系 B)的成员。其 RNA 序列的长度约为 30,000 个核碱基。然而,SARS-CoV-2 是唯一包含多碱基切割位点的冠状病毒,一个已知的特征是增加其他病毒的致病性和繁殖率,从足够多的测序基因组中,可以重建一个病毒家族突变历史的系统发育树。系统发育树基本上由病毒的一种遗传图谱或谱系树组成,可以在研究、了解污染过程甚至来自足够接近的毒株的处理形式方面取得进展。2020 年 1 月 12 日,它们在武汉 SARS-CoV-2 的五个基因组。截至 2020 年 1 月 30 日,已知 42 个基因组。对这些样本的系统发育分析显示,多达七个突变与一个共同祖先有关,这意味着人类的首次感染发生在 2019 年 11 月或 12 月。截至 2020 年 3 月 13 日,已有 410 个 SARS-CoV-2 基因组被采样并公开。被归类为两种不同的病毒物种。因此,SARS-CoV-2已被归类为与急性呼吸系统综合症(SARS-CoV)相关的冠状病毒株。根据目前基于保守核酸序列确定冠状病毒之间等级关系的规则,SARS-CoV-2 与导致 SARS 爆发的 SARS-CoV 之间的差异不足以归类为两种不同的病毒。因此,SARS-CoV-2已被归类为与急性呼吸系统综合症(SARS-CoV)相关的冠状病毒株。根据目前基于保守核酸序列确定冠状病毒之间等级关系的规则,SARS-CoV-2 与导致 SARS 爆发的 SARS-CoV 之间的差异不足以归类为两种不同的病毒。因此,SARS-CoV-2已被归类为与急性呼吸系统综合症(SARS-CoV)相关的冠状病毒株。

变体

在 COVID-19 大流行的背景下,“变异”、“应变”和“应变”之间的混淆变得更加明确,因为根据美国疾病控制与预防中心 (CDC) 的说法,没有统一的科学界中的概念来定义或区分每个术语。尽管如此,据巴西布坦坦研究所称,2021 年 4 月世界上的主要突变被称为 D614G。 2021 年年中,世界卫生组织通过分配希腊字母的字母并消除与国家或地方的关联来简化变体名称,所有这些都列在下表中,并带有各种当前名称。D614G 突变在 B.1.1.28 和 B.1.1.33 菌株中很常见。 P.1 和 P.2 变种起源于第一个谱系(初步检测与巴西的社区传播相关),而 N.9 变体起源于提到的第二个谱系。此外还有 B.1.1.7、B.1.351 和 B.1.318 行分别与英国、南非和瑞士社区传播的初步检测相关。由于高传播能力和严重疾病,B.1.1.7、B.1.351 和 P.1 在国际上被归类为关注变种,而 B.1.427 和 B.1.429(均与美国社区传播相关的初步检测) States ) 是 2021 年 4 月中旬感兴趣的变体。2(与巴西社区传播相关的初步检测),而变体 N.9 源自提到的第二个谱系。此外还有 B.1.1.7、B.1.351 和 B.1.318 行分别与英国、南非和瑞士社区传播的初步检测相关。由于高传播能力和严重疾病,B.1.1.7、B.1.351 和 P.1 在国际上被归类为关注变种,而 B.1.427 和 B.1.429(均与美国社区传播相关的初步检测) States ) 是 2021 年 4 月中旬感兴趣的变体。2(与巴西社区传播相关的初步检测),而变体 N.9 源自提到的第二个谱系。此外还有 B.1.1.7、B.1.351 和 B.1.318 行分别与英国、南非和瑞士社区传播的初步检测相关。由于高传播能力和严重疾病,B.1.1.7、B.1.351 和 P.1 在国际上被归类为关注变种,而 B.1.427 和 B.1.429(均与美国社区传播相关的初步检测) States ) 是 2021 年 4 月中旬感兴趣的变体。分别在南非和瑞士。由于高传播能力和严重疾病,B.1.1.7、B.1.351 和 P.1 在国际上被归类为关注变种,而 B.1.427 和 B.1.429(均与美国社区传播相关的初步检测) States ) 是 2021 年 4 月中旬感兴趣的变体。分别在南非和瑞士。由于高传播能力和严重疾病,B.1.1.7、B.1.351 和 P.1 在国际上被归类为关注变种,而 B.1.427 和 B.1.429(均与美国社区传播相关的初步检测) States ) 是 2021 年 4 月中旬感兴趣的变体。

结构生物学

每个 SARS-CoV-2 病毒粒子的直径约为 50-200 纳米。与其他冠状病毒一样,SARS-CoV-2 具有四种结构蛋白,称为 S(尖峰)、E(包膜)、M(膜)和 N(核衣壳)蛋白。蛋白质 N 包含 RNA 基因组,蛋白质 S、E 和 M 一起形成病毒包膜。蛋白S是使病毒附着在宿主细胞细胞膜上的蛋白质。早期对病毒S蛋白的蛋白质建模实验表明,SARS-CoV-2对血管紧张素2转换酶的受体具有足够的亲和力(ACE2) 在人体细胞中用作细胞渗透机制。 2020年1月22日,一个中国组和一个美国组,独立,能够通过实验证明ACE2可能是SARS-CoV-2的受体。多项研究表明,与原始 SARS 毒株相比,SARS-CoV-2 对人类 ACE2 的亲和力更大。 SARS-CoV-2 还可以使用 basigin 蛋白穿透宿主细胞。对于 SARS-CoV-2 的渗透,蛋白 S 通过 TMPRSS2 的初始启动也是必不可少的。 SARS-CoV-2 产生至少三种毒力因子,促进新病毒粒子从宿主细胞中释放并抑制免疫反应。对于 SARS-CoV-2 的渗透,蛋白 S 通过 TMPRSS2 的初始启动也是必不可少的。 SARS-CoV-2 产生至少三种毒力因子,促进新病毒粒子从宿主细胞中释放并抑制免疫反应。对于 SARS-CoV-2 的渗透,蛋白 S 通过 TMPRSS2 的初始启动也是必不可少的。 SARS-CoV-2 产生至少三种毒力因子,促进新病毒粒子从宿主细胞中释放并抑制免疫反应。

流行病学

基于在已知的 SARS-CoV-2 基因组序列中发现的低变异性,该菌株被认为是在 2019 年底在人群中出现后仅几周就被当局检测到。日期 2019 年 11 月 17 日。病毒随后传播到中国所有省份和各大洲 100 多个国家。人与人之间的传播已在各大洲得到证实。 2020 年 1 月 30 日,世卫组织宣布 SARS-CoV-2 为国际突发公共卫生事件,并于 3 月 11 日宣布为大流行病。截至 2021 年 9 月 29 日,该大流行病已导致全球确诊感染病例 232 702 991 例,其中4,763,415人死亡并康复。尽管导致确诊感染或进展为可诊断疾病的感染比例仍不确定,但一个数学模型估计,仅武汉市在 2020 年 1 月 25 日的感染人数为 75,815,当时确诊感染人数要低得多。 SARS-CoV-2 的数量 ( R 0 {\displaystyle R_{0}} ) 估计在 1.4 到 3.9 之间。这意味着,在没有社区成员免疫且不采取预防措施的情况下,每次病毒感染预计会导致 1.4 至 3.9 例新感染。尽管导致确诊感染或进展为可诊断疾病的感染比例仍不确定,但一个数学模型估计,仅武汉市在 2020 年 1 月 25 日的感染人数为 75,815,当时确诊感染人数要低得多。 SARS-CoV-2 的数量 ( R 0 {\displaystyle R_{0}} ) 估计在 1.4 到 3.9 之间。这意味着,在没有社区成员免疫且不采取预防措施的情况下,每次病毒感染预计会导致 1.4 至 3.9 例新感染。尽管导致确诊感染或进展为可诊断疾病的感染比例仍不确定,但一个数学模型估计,仅武汉市在 2020 年 1 月 25 日的感染人数为 75,815,当时确诊感染人数要低得多。 SARS-CoV-2 的数量 ( R 0 {\displaystyle R_{0}} ) 估计在 1.4 到 3.9 之间。这意味着,在没有社区成员免疫且不采取预防措施的情况下,每次病毒感染预计会导致 1.4 至 3.9 例新感染。一个数学模型估计,2020 年 1 月 25 日仅武汉的感染人数为 75,815,当时确诊感染人数要低得多。SARS 的基本繁殖数( R 0 {\displaystyle)估计为 R_{0}} ) -CoV-2 介于 1.4 和 3.9 之间。这意味着,在没有社区成员免疫且不采取预防措施的情况下,每次病毒感染预计会导致 1.4 至 3.9 例新感染。一个数学模型估计,2020 年 1 月 25 日仅武汉的感染人数为 75,815,当时确诊感染人数要低得多。SARS 的基本繁殖数( R 0 {\displaystyle)估计为 R_{0}} ) -CoV-2 介于 1.4 和 3.9 之间。这意味着,在没有社区成员免疫且不采取预防措施的情况下,每次病毒感染预计会导致 1.4 至 3.9 例新感染。这意味着,在没有社区成员免疫且不采取预防措施的情况下,每次病毒感染预计会导致 1.4 至 3.9 例新感染。这意味着,在没有社区成员免疫且不采取预防措施的情况下,每次病毒感染预计会导致 1.4 至 3.9 例新感染。

也可以看看

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参考

参考书目

Brussow H (março de 2020)。«新型冠状病毒——当前知识的快照»。微生物生物技术。2020 年:1-6。PMID 32144890. doi:10.1111/1751-7915.13557 Habibzadeh P, Stoneman EK (fevereiro de 2020)。«新型冠状病毒:鸟瞰图»。国际职业与环境医学杂志。11 (2): 65–71。PMID 32020915. doi:10.15171/ijoem.2020.1921 世界卫生组织 (2 de março de 2020)。疑似人类病例中 2019 年冠状病毒病 (COVID-19) 的实验室检测:临时指南,2020 年 3 月 2 日(Relatório)。世界卫生组织。hdl:10665/331329。WHO/COVID-19/laboratory/2020.4。许可证:CC BY-NC-SA 3.0

外部链接

“世卫组织关于新型冠状病毒”。(英文)《新型冠状病毒指南》。Revista Pesquisa FAPESP